Funkční celek je logická struktura obsahující všechny vrstvy architektury (primárně Byznys, Aplikace, Platformy, Komunikace), a který se nejčastěji tvoří kolem informačního systému veřejné správy. Typickým příkladem funkčního celku může být "správa dokumentů". Tento celek kromě samotného informačního systému typu elektronická spisová služba a důvěryhodné úložiště obsahuje i procesy a postupy v úřadu (skartační plán, příjem dokumentů atd.), potřebný HW a SW, komunikační propojení, bezpečnostní požadavky, standardy, pravidla a další. To, že se funkční celek popisuje skrze všechny vrstvy architektury ale neznamená, že jsou jeho nedílnou součástí. Například u vrstvy HW a SW vybavení se počítá s tím, že jde o sdílenou platformu, která není přímo součástí funkčního celku, ale využívá její služby.